يسعى قسم أمراض النبات أن يكون رائداً في البحوث والتدريس والإرشاد في مجال أمراض النبات وتطبيقاتها على المستوى المحلي والإقليمي. ويقوم القسم بالأشراف على طلاب الدراسات العليا وتأهيلهم للحصول على درجتي الماجستير والدكتوراه فى مجال أمراض النبات، كما يقوم القسم بإجراء البحوث التطبيقية لحل المشاكل المرضية.