نشأت جامعة أسوان كفرع من جامعة جنوب الوادي، فإستقل فرع أسوان وأصبح جامعة مستقلة تحت مسمي “جامعة أسوان” ومقرها مدينة أسوان وذلك بقرار جمهوري رقم 311 لعام 2012 وكانت تحتوي على 6 كليات فقط هي: كلية التربية – كلية العلوم – كلية الهندسة – كلية الخدمة الإجتماعية – كلية الآداب – كلية هندسة الطاقة.

ولمواجهة التحديات العلمية والتكنولوجية التي تتسم بها روح هذا العصر وإستجابة للتغيرات العالمية في مجال التعليم الزراعي والإهتمام لمستقبل هذا القطاع الحيوي، فقد رأت جامعة أسوان أن إنشاء كلية للزراعة غير نمطية تحت مسمي ” كلية الزراعة والموارد الطبيعية ” ضرورة حتمية لخدمة إقليم أسوان لما يمتاز به من خصائص بيئية مميزة ينفرد بها دون غيره، إنعكست على تحديد أنواع الحاصلات الزراعية التي تجود به.

وفي 13/2/2013 صدر القرار الوزاري رقم 126 لسنة 2013 بالموافقة علي إنشاء كلية الزراعة والموارد الطبيعية بجامعة أسوان وتم قبول عدد ( 297 ) طالب وطالبة.