يقدم قسم البساتين أربعة برامج مختلفة للدراسات العليا للحصول علي درجة الماجستير البحثي والدكتوراه كما يلي:
برنامج الفاكهة- برنامج الخضر- برنامج الزهور ونباتات الزينة – برنامج النباتات الطبية والعطرية.
كما يقدم القسم برنامج خاص بطلاب الماجستير المهني “برنامج تكنولوجيا إنتاج الحاصلات البستانية للتصدير”.