إعداد وتخريج كوادر ذوى كفاءة عالية من المهندسين الزراعيين والباحثين القادرين على العمل فى مجال تشخيص ومقاومة الأمراض النباتية وحل المشاكل المتعلقة بها ، كما يقوم القسم بالأشراف على طلاب الدراسات العليا وتأهيلهم للحصول على درجتي الماجستير والدكتوراه فى مجال أمراض النبات، كما يقوم القسم بإجراء البحوث التطبيقية لحل المشاكل المرضية.