يهتم قسم الميكروبيولوجيا الزراعية بتدريس المفاهيم الأساسية العامة لعلم الميكروبيولوجي للطلاب وكذلك الدور التطبيقى للميكروبات في تدوير المخلفات ومعالجة التلوث البيئى والمحافظة على البيئة وايضاً دور التكنولوجيا الحيوية فى إنتاج المخصبات والمبيدات الحيوية.